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追記：
howmは、基本的に .svn のように dot で始まるディレクトリは自動的に無視されているハズなので設定は不要だったと思います。
また、やり方はいくらもありますが、複数台で使うなら以下のようなコードにすると便利かもしれません (howmメモのパスにマシン名を含めることができます)。
(setq my-host (downcase (car (split-string (system-name) "\\."))))
(setq howm-file-name-format (concat "%Y/%m/" my-host "/%d%H%M%S.howm"))
もっとも、やりようとしては changelog メモもかなり便利ではあります。